Приложение Управление ценами на текущий момент работает только с ценами из карточки товара и НЕ работает с ценами из документов (например не получится "взять цены из последней приемки").
Для того, чтобы у вас всегда были актуальные закупочные цены в карточке товара, используйте штатную кнопку сервиса МойСклад "Сохранить цены":
Также вы можете использовать наше другое приложение Кнопки (подробнее Приложение Кнопки) с действием "Сохранить цены документа", создав например кнопку, которая будет одновременно проводить документ и сохранять цены из документа в карточку товара (при этом менеджера можно ограничить в правах для исключения ошибок).