Как будет идти распределение, если товар новый или не продавался на каком-либо складе?
Все зависит от выбранного вами периода анализа продаж.
Если продаж в выбранном периоде не было ни на одном из складов, то приложение распределит товар равномерно (с учетом возможных остатков).
Если продажи где-либо были, то распределение будет идти на эти склады, оставляя склады с 0 продажами пустыми.
Можно ли распределять товар кратно упаковкам?
Да, распределение идет кратно выбранным в документе единицам измерения для каждой отдельной строки.